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南京大学在建设发展中始终坚持育人为本，将本科教育作为创建世界一流大学的基础工程，并进一步提出“办中国最好的本科教育”的宏伟目标与愿景，使之成为南京大学改革发展中的一面鲜明的旗帜。通过建设一流的学科专业，打造一流的平台，产出一流的成果，使南京大学的本科教学始终保持全国领先地位，并产生世界性的影响力和竞争力。目前，全校“三三制”本科教学改革已进入第二阶段，学校将以教学质量提升为导向，以优质课程建设为重点，以导学体系建设为支持，以体制机制建设为保障，完善人才培养体系，优化人才培养过程。
在优质课程建设方面，加强教学方法改革，并充分利用先进的网络信息技术，着力三个培养阶段、三条发展路径的课程资源建设，从而培育一批有重要影响的优质课程，促进学生个性化发展，进一步提升南大本科教学水平。在大类培养阶段，通识教育课程提优。学校将基本建成40门左右由高水平教师主导、深受学生欢迎的优质通识课程；同时，开发通识教育精品慕课，推进悦读经典计划。在专业培养阶段，打造品牌专业课程。通过教学内容优化和教学方法改革（如翻转课堂）带动专业核心课程质量提升，力争每个专业建成若干品牌课程。在多元培养阶段，夯实三类课程建设，促进学生多样化发展。为专业学术类学生提供更多专业方向课、学科前沿课、本硕贯通课等，为交叉复合类学生开发形式多样的学科交叉课程群，为就业创业类学生打造内容丰富、教学手段灵活、师资构成多元的创新创业课程体系。
在深化创新创业教育方面，“五位一体”提升学生创新创业能力。主动对接行业产业需求，通过多部门有效协同，整合全校创新创业教育资源，深度融合第一课堂培养方案与第二课堂育人体系，探索建立以创新创业课程、讲堂、训练、竞赛和成果孵化为主要内容的创新创业教育体系。促进学生向自我管理、自我服务转变，建立以学生为主体、部门支持配合的“翻转”机制，激发学生自主学习和自主创业的内在动力。
在加强教师教学动力机制方面，结合人事制度改革，完善教师评聘制度、教学评价与考核制度、教学奖励和约束制度，从而增强教师动力，巩固并努力提升全校本科教学一线师资的力量与水平，提升广大教师的教学荣誉感和认可度。
在加强学生学习动力机制建设方面，构建激发学生动力、助力学生成长的支持服务体系。完善教学管理制度，全面保障学生的利益。通过构建点面结合、立体化的学生学业支持与服务体系，充分保证学生的自主选择和个性发展，促进学生全面成长成才。
在健全教学评估体系方面，深化“一二三”教学质量保障体系建设，建立涵盖院系、课程、教师和学生的教学评估制度，充分发挥教学评价的导向作用。五年内完成对所有院系的教学评估。完善课程建设分类标准，围绕“学生欢迎、同行认可、校友满意”三个主要维度，健全多元评价制度。对教师教学水平进行综合评估，并作为教师考核、晋升的重要依据之一。以“学”为中心，建立学生学业评估制度，构建体现学习成果创造性和多样性的评价体系。
